Perimetrul Neptun Deep nu poate fi apărat automat de NATO în cazul unei agresiuni, pentru un motiv esenţial şi adesea ignorat în discursul public: el nu se află pe teritoriul naţional al României, aşa cum este acesta definit de Constituţie şi de Legea nr. 350/2001, ci în Zona Economică Exclusivă (ZEE) a României la Marea Neagră, un spaţiu cu regim juridic special, unde statul român are drepturi suverane economice, dar nu suveranitate deplină.